През 1923 година БКП претърпява сериозно поражение след провала на Септемврийското въстание. Партията е забранена и преминава в нелегалност, но продължава да води активна борба срещу властите. Засилващият се натиск от страна на правителството срещу комунистическата организация я поставя в ситуация на крайна решителност и отговорност за действие. Възникват вътрешни конфликти в ръководството на партията, като част от крайнолевите дейци започват да търсят насилствени методи за постигане на своите цели.
През декември 1924 година Петър Задгорски, клисар на църквата „Света Неделя“, става част от терористичната мрежа на Военната организация на БКП. След вербуването му, дейците на организацията започват да планират атентат, който да ликвидира висши държавни и военни служители. Противоречията вътре в партията обаче довеждат до решения, които ще се окажат фатални за много невинни хора.
Атентатът е планиран с изключителна прецизност. През януари 1925 година, с помощта на клисаря Петър Задгорски, терористите успяват да внесат 25 килограма експлозив на тавана на църквата. Тяхната цел е да поставят взривно устройство под купола, така че когато възможно най-голямо количество хора се съберат по време на погребението на генерал Георгиев, да бъде предизвикана катастрофална експлозия.
Експлозивът е монтиран така, че да бъде взривен чрез бикфордов шнур, което да даде време на атентаторите да избягат от мястото. За усилване на разрушителния ефект, в близост до взрива е поставена бутилка със сярна киселина, която да отделя отровни газове при експлозията.
Церемонията по погребението на генерал Константин Георгиев, важна личност в България, се провежда на 16 април 1925 година. На нея присъстват многобройни представители на военния и политическия елит. Въпреки че първоначално ковчегът е поставен точно до мястото на взрива, поради голямото струпване на хора, той е преместен, което по-късно ще спаси много от присъстващите.
Атентатът избухва около 15:20 часа, когато в църквата се намират стотици хора. Взривът събаря главния купол и погребва под руините 134 души, като други 500 са ранени, много от които умират по-късно от раните си. Сред жертвите са 12 генерали, 15 полковници, множество общественици, включително столичният кмет Паскал Паскалев, както и много жени и деца. Поради съвпадението, членовете на правителството се отървават с леки наранявания, а цар Борис III не е в църквата по време на атентата.
След атентата, страната е поставена под военно положение, което остава в сила до 24 октомври 1925 година. Правителството предприема жестоки репресии срещу крайната левица, известни като Априлски събития. Множество комунистически активисти и участници в атентата са арестувани, осъдени на смърт и публично обесени.
Малко след събитието, ЦК на БКП официално осъжда атентата като „необмислено действие“, което нанася вреда на антифашисткото движение. В комунистическата литература по-късно участниците в атентата са наречени „леви сектанти“, които действат извън контрол на партията.