Твърденията за автентичност се основават на реликвария (кутия за съхранение на мощите), открит под олтара на базилика от V век, намираща се на близкия до българския град Созопол остров Свети Иван в Черно море. Вътре са запазени 8 късчета от кости, между които част от череп и лицева кост, както и зъб.
По-късният манастир на острова е посветен на Йоан Кръстител, което, според ръководителя на разкопките Казимир Попконстантинов, индиректно подкрепя тезата, че реликвите под олтара са от светеца. Попконстантинов уточни пред Си Ен Ен, че "ключовото" доказателство всъщност е малка кутия от пясъчник, намерена заедно с реликвария. Тя носи надпис на гръцки: "Боже, спаси своя роб Томас. На Свети Йоан. 24 юни".
По думите на Попконстантинов датата, празнувана от християните като ден на раждането на светеца, дава директна връзка между Свети Йоан и обекта на разкопките. Другата част от надписа предполага, че притежателят й я е ползвал като амулет за защита и е носел мощите в такъв прост контейнер, за да не привлича вниманието. "Очаквахме да намерим реликварий и не се излъгахме - каза Попконстантинов - изглежда логично предположението, че основателите на манастира са направили всичко по силите си да доставят мощи от светеца-патрон".
Тленни останки, приписвани на Свети Йоан, вече се съхраняват на няколко места по света. Голямата джамия в Дамаск, Сирия, и катедралата в Амиен, Франция, претендират, че притежават главата. Музеят "Топкапи" в истанбел е изложил дясната ръка на светеца.
Пол Мидълтън, старши лектор по предмет "Библейски изследвания" в университета в Честър, каза за Си Ен Ен, че има добра основа да се приеме, че Йоан е бил реална историческа личност. Четирите евангелия, както и еврейският историк Йосиф, са единодушни, че Кръстителят е обезглавен по заповед на местния управник Ирод. Християните вярват, че аскетът-проповедник Йоан е предрекъл идването на Исус и го е кръстил във водите на река Йордан. "Той е пророкът на Исус, той е подготвил пътя" - поясни Мидълтън.
В България много критики се насочеха към Божидар Димитров, министър в сегашното правителство, но и известен историк и директор на Националния исторически музей. Неговата увереност относно реликвите и потенциала на Созопол като център на религиозен туризъм провокираха критични оценки от водещи археолози. В отговор Димитров стигна до ругатни срещу критиците си в свое интервю в пресата и това предизвика призиви за оставката му. Той пък отрече, че е целял да обижда.
Съмненията в България, обаче, още не са разсеяни. Според Фабрицио Висконти от специалната комисия на Ватикана по въпросите на археологията на свещеното, по света има хиляди реликви, за които се претндира, че са от Йоан Кръстител. Висконти заяви за Си Ен Ен, че "комисията ще изчака по-задълбочено проучване, преди да обяви становището си". Димитров пък заяви, че мощите са предадени на Православната църква и че тя ще реши дали да се провеждат по-нататъчни опити с тях. Той добави, че дори и да се установи, че мощите са от първи век, някой Тома Неверни ще запита какво доказва, че са от Йоан, а не от друга личност, живяла тогава.
Попконстантинов, пък, съобщи, че ще се направят допълнителни изследвания на реликвария и съдържанието му, за да се определи дали костите са от едно или няколко тела и дали са мъжки или женски. Той призна, че случаят смесва факти с хипотези: "Доколкото ми е известно, няма база данни с ДНК на светци, тъй че тук, според мен, науката свършва. тъй като не можем да докажем с научни методи принадлежността на реликвите, трябва да бъдем толерантни към онези, които искат да вярват, че са автентични".
Други специалисти също подчертават, че въпросът с реликвите е свързан повече с вярата, отколкото с науката. Православната църква винаги е била толерантна и никога не е държала произходът да е 150% удостоверен. Култът към реликвите в нашия регион се наблюдава от II век, през IV век константинополският двор усилено гие събирал, а до VIII в цяла Европа е вървяла интензивна размяна на реликви.
Огромният обем от мощи практически прави невъзможно удостоверяването на произхода им: историците са регистрили над 3 600 реликви от 476 светци само в Константинопол.
Находката на остров Свети Иван, обаче, според британският византолог Антъни Йистмънд, е била придобита от ранните монаси-заселници, като те наистина са вярвали, че е автентична. "Всичко предполага, че те са вярвали, че мощите са от Йоан Кръстител. В теологичен план, в края на краищата, това е, което има значение - каза специалистът - дойде моментът, в който духовността изпада в противоречие с археологията".