Идеята за създаване на музея възниква през 1969 г. Тогава се чества един век от основаването на благотворителната болница, построена със средствата на варненеца Параскева Николау.
През 1978 г. идеята прераства в решение на Окръжен народен съвет – Варна. За база на новия музей е определена точно болницата. Комплексът от възрожденска сграда и параклис са реставрирани и обявени за паметник на културата през 1982 г. от Националния институт за паметниците на културата.
Задачата по създаването на Музей по история на медицината е възложена на д-р Иван Капинчев. Той определя концепцията за музейното изложение и координира дейността на екипите от специалисти. Съвместно работят изтъкнати археолози, антрополози, етнографи, историци, фармацевти, историци на медицината, архитекти и др.
Д-р Капинчев бе гост на 40 рожден ден на музея.
"В България няма друго такова невероятно бижу. Една сграда, която диша с експонатите и артефактите, които са събрани и подредени вътре. Имаме щастието като варненци, че тази първа дарителска болница на Параскев Николау е в нашия град. Вътре човек влиза с респект, а би трябвало на всеки предмет да гледа с пиетет. Това е моя и само моя идея всеки раздел на музея да бъде разработен от специалисти в областта. Аз събрах артефактите, но не бях специалист. Ние направихме следните раздели: архаична медицина, зъболекарство, аптечно дело, народна и църковна медицина. За всеки бе определено място. Музеят завършваше до Втората световна война, защото не можехме да поемем този огромен поток от апаратура, литература и други знания, които да бъдат експонирани.", каза д-р Капинчев.
Музеят отваря врати през 1985 г. Борбата за получаване на сградата, в която се помещава на ул. "Параскев Николау" 7 е голяма и в крайна сметка успешна. Зданието освен като болница за бедни е служело в годините като изолатор при холерната епидемия. В него се е помещавала и първата противобясн станция.
В музейната сбирка могат да се видят изключително интересни артефакти, сред които стар зъболекарски стол, рентгенов апарат, клещи за зъби и други. Палеоантропологична колекция е първата у нас.