Сериозен проблем на митниците са ниските възнаграждения. Вече има случаи, при които служители напускат заради ниските заплати и явно нереалистичните си очаквания за възнагражденията в митническата администрация. Редови митничари в страната взимат по 500-600 лв. заплата, отделно обаче получават и бонуси. Затова от Агенция "Митници" изтичат предимно висококвалифицирани служители. Заплатите в държавната администрация често не успяват да се конкурират с тези в частния сектор. Всеки един кандидат, който подава документи за обявен конкурс, е запознат с условията, обясняват от агенцията. Всеки знае на каква заплата може да разчита още при постъпване на работа. Но явно получаваните бонуси често са под очакванията на кандидатите за работа в митниците. Както всички други държавни институции, митниците се борят с проблема с изтичането на способни кадри към частния сектор. Тази тенденция е характерна най-често за експертните длъжности, както и за сферите, които традиционно се котират добре на пазара на труда - IT специалисти, юристи и др., допълват от митниците.