Историята на оркестъра, превърнал се в един от най-любимите символи на Варна, е вълнуваща и изпълнена с интересни, но малко известни за широката общественост факти.
На 10 декември 1883 г. командирът на Дунавската флотилия капитан-лейтенант Зиновий Рожественский подава рапорт до военния министър на Княжество България с искане да бъде разрешено откриването на оркестър към флотилията. На 15 декември министърът удовлетворява тази молба и със своя заповед № 22 от 10 януари 1884 година, Рожественский обявява списъка на първите 22-ма назначени музиканти.
На 28 февруари 1884 година за капелмайстор на оркестъра е назначен Франц Минарик. Официално с този акт новото флотско формирование става втори щатен оркестър в Българската войска.
Ентусиазмът е толкова голям, че още преди министерското благоволение, командирът на флотилията изпраща 1000 златни лева за закупуване на инструменти като аванс по сметка на фабрика „Червени” в Чехия, в границите на тогавашната Австроунгарска империя.
Първите инструменти на оркестъра пристигат в гр. Русе на 26 януари 1884 г. Почти четири десетилетия оркестърът се ръководи от чехи - Франц Шебек, Франц Минарик,Франц Щрос (възпитаник на Парижката консерватория).
Забележително е развитието на флотския оркестър в периода от 1887 г. до 1910 г., когато на диригентския пулт е ученикът на Дворжак - Франц Свобода. Петият диригент също е чех- Венцеслав Павел.
До 1896 г. България няма военен флот на Черно море. Същата година, със закон приет от Народното събрание, е създадена Морската част на флотилията. Три години по-късно - на 13 януари 1899 г., Дунавската флотилия и Морската част са обединени във Военноморски флот с щаб във Варна,където се установява и флотското командване. Заедно с него е преместен и оркестърът.
С пристигането си във Варна, наред с осигуряването на военните церемонии и ритуали, оркестърът активно се включва и е неделима част от обществения и културен живот на града.
Настъпва злополучната за България 1919 година. Съгласно клаузите на Ньойския диктат, всички чуждестранни офицери, в това число и чешките капелмайстори, са отстранени от военна служба. От 1919 г. до 1937 г. България официално няма военен флот. Голяма част от личния състав на формално ликвидираните подразделения на флота, преминават на служба към формираната през април 1921 г.Крайбрежна жандармерийска дружина, която поема бреговата гранична служба на водните граници. Целият личен състав на дружината наброява 664 души, заедно с флотския духов оркестър от 23 музиканти, който е преименуван в Музикантска команда.
Малко известна е ролята на оркестъра в съвместната дейност на Военното министерство, Щаба на морската полицейска служба и организацията „Български народен морски сговор”, за отхвърляне ограниченията на Ньойския договор. През този период с цел събиране на средства в Българските военноморски фондове из цяла България концертира „Флотската музика”. През 1920 година - 36 години след създаването му, начело на оркестъра застава и първият българин - капелмайстор Димитър Хараламбиев.
Диригентската палка преминава последователно през ръцете на Александър Наумов, Петър Касабов,Георги Попов - един от създателите на Варненската опера, Яким Попиилиев - създател на струнен състав към оркестъра, по-късно и диригент във Варненската опера.През 1947 г. диригентът на оркестъра Емил Димчев създава и първия естраден състав. Следват Радослав Харалампиев - ученик на Маестро Георги Атанасов и Венелин Крушев, капитан I ранг Ангел Кършанов - повече от три десетилетия начело на оркестъра и капитан II ранг Димитър Димитров.
През1997 г. за диригент на оркестъра назначен капитан III ранг Мирослав Трифонов - възпитаник на военно-диригентския факултет на Московската държавна консерватория. Помощник - диригент от 2000 г. е капитан Георги Зайранов - завършил Академията за музикално, танцово и изобразително изкуство в гр. Пловдив. Това е тандемът, който ръководи флотския оркестър днес.
Първа задгранична изява оркестърът осъществява в Севастопол и Одеса на борда на яхтата ,,Александър I” в годината на своето създаване. Следващото участие извън страната е през 1893 г. в румънския град Турну Северин. Първата презморска визита с кораб от Черноморския флот е през 1901 г. отново в Севастопол, на борда на крайцера „Надежда”. През 1903 г. оркестърът изнася концерт пред краля на Румъния - Карол I в двореца му в Синая. Следват пътувания в Гърция, Италия, Турция, Унгария и бившия СССР.
През месец октомври 1930 г. Флотският оркестър, вече в състава на Морската учебна част, е командирован до Италия и пътува на борда на парахода „Цар Фердинанд” за сватбата на Н.В.Цар Борис III с италианската принцеса Джованна Савойска. На 25 октомври, след няколко дневно плаване по море, в деня на височайшето събитие, оркестърът изнася двучасов концерт в пристанищния град Бриндизи.
На 10 ноември 1938 г. умира създателят на съвременната турска държава - Мустафа Кемал Ататюрк. За церемонията по погребението на турския държавен глава в Анкара е изпратена официална делегация, водена от министъра на войната генерал-майор Теодоси Даскалов, в чийто състав, освен официалните лица са включени почетен караул от Школата за запасни офицери в София и Флотският оркестър.
От 2000 г. до сега, Представителният духов оркестър на ВМС многократно участва в международни фестивали на военни оркестри и концертни турнета в Белгия, Франция, Италия, Швейцария,Турция и Германия.
Флотският оркестър е основен участник във всички национални, военни, религиозни празници и ритуали във Варна. Изнася концерти в крайбрежните градове и вътрешността на страната. Ежегодно, Представителният духов оркестър на Военноморските сили има повече от 150 изяви.
Репертоарът е изключително богат и разнообразен. Включва творби от Росини, Вебер, Верди, Сметана, Дворжак, Моцарт,Бетовен, Щраус, Чайковски, Шостакович, Добри Христов, Петко Стайнов, Александър Райчев, Панчо Владигеров и много оркестрови разработки от съвременни автори на джазова, поп и рок музика.