Обвинителният акт е 62 страници и е първият внесен официално след едногодишно разследване на аферата. През юли 2006 г. Валентин Димитров бе арестуван заедно с други висшестоящи служители на дружеството и те излежаха в затвора близо година, а междувременно аферата се разрастна и достигна до високите етажи на властта.
Оставки подадоха министърът на икономиката Румен Овчаров и началникът на Национална следствена служба Ангел Александров за възпрепятстване на правосъдието и заради връзките с бизнесмена Красимир Георгиев, обвинен в пране на пари.
Прокурор Джамбазов обясни, че сумите са били получавани по две сметки в Австрия - едната лична на Димитров, а другата на фирмата му "Промод". Трансферите към тези сметки са осъществявани по сходен начин, има и свидетели на документалното престъпление.
Валентин Димитров беше обвинен в злоупотреби за 27 милиона лева през юли 2006 г. Той е разследван и за неплащане на данъци, като Софийският апелативен съд потвърди становището на първата инстанция, че няма обосновано предположение за "пране на пари".
През юли 2006 г. задържани бяха и Лина Абланска, началник на отдел "Материално-техническо снабдяване" в "Топлофикация" и Мая Стоилова, държала сейф, през който са минавали източените от "Топлофикация" пари. На четиримата арестувани бе повдигнато обвинение за длъжностно присвояване. Заради разкритията за големите злоупотреби и съмненията в правилното отчитане на консумацията от топлинните счетоводители доведе до рязък спад на плащането на сметките.
Наследникът на поста му Георги Рогачев бе арестуван на 13 декември, заедно със заместника му Емил Антонов. Георги Рогачев е под домашен арест.
Постът на Рогачев бе зает от Наско Михов, който бе избран от Столичен общински съвет. Четири месеца по-късно Наско Михов напусна поста, след като съветът гласува отстраняването му заради управление "на тъмно" на дружеството. Оставката му бе поискана по инициатива на съветници от СДС. Според тях Михов, който бе избран с новото икономическо мнозинство на БСП и НДСВ в общинския съвет, не е подобрил лошото финансово състояние на дружеството. Новият изпълнителен директор на дружеството е Петко Милевски.