Сертифицирането на разходите се извършва от Сертифициращия орган - дирекция „Национален фонд" в Министерството на финансите, след пълна документална проверка, оценка на друга налична информация, както и на резултатите от извършени проверки на място. Впоследствие Сертифициращият орган изготвя Отчет за разходите и Заявление за междинно плащане до Европейската комисия само за разходите, за които е получил достатъчна увереност, че са изпълнени всички изисквания на европейското и национално законодателство.